本系以团结、组织广大医学科学技术工作者，遵守国家宪法、法律和法规，贯彻国家科学技术工作和卫生工作方针为宗旨。崇尚医学道德，弘扬社会正气。坚持民主办会原则，充分发扬学术民主，提高医学科技工作者专业技术水平，促进医学科学技术的繁荣和发展，促进医学科技的普及与推广，促进医学科学技术队伍的成长，促进医学科技与经济建设相结合，为会员和医学科技工作者服务，为人民健康服务，为社会主义现代化建设服务。

本系的主要业务包括：开展医学学术交流；编辑出版123种医学、科普等各类期刊及100余种音像出版物；开展继续医学教育；开展国际间学术交流；开展医学科技项目的评价、评审和医学科学技术决策论证；评选和奖励优秀医学科技成果（包括学术论文和科普作品等）；开展专科医师的培训和考核；发现、推荐和培养优秀医学科技人才；宣传、奖励医德高尚、业务精良的医务人员；承担政府委托职能及承办委托任务；设立临床研究专项资金，提高临床科研水平；组织医疗事故技术鉴定和预防接种异常反应技术鉴定工作；推动医学科研成果的转化和应用；向党和政府反映医学科技工作者的意见和要求。